Le fanal est l'une des soixante dix scènes nationales du réseau du Ministère de la Culture depuis 1991. Dirigé par Nadine Varoutsikos-Perez, le fanal a une mission de production et de diffusion de spectacles contemporains. La programmation est multidisciplinaire : théâtre, danse, musiques, cirque... Elle rassemble chaque année une cinquantaine de spectacles pour une centaine de représentations. Le fanal offre également une programmation cinématographique hebdomadaire (vendredi, samedi et dimanche).
Des résidences d'artistes associés, de même qu'un travail régulier et intensif d'action culturelle contribuent à étendre l'influence de la structure sur le territoire, à former les spectateurs, et à participer à l'animation de la cité (rencontres, débats, jumelages avec des établissements scolaires, collaboration avec des associations...).
En attendant l'ouverture du nouveau Théâtre de la Ville de Saint-Nazaire en 2012, le fanal programme les spectacles dans différents lieux : au fanal, au Théâtre Jean-Bart, au Life dans la base des sous-marins, sous chapiteaux et hors les murs... Subventionné par la Ville de Saint-Nazaire et le Ministère de la culture il l'est également, depuis 2004, par la Région des Pays de la Loire et reçoit également une aide du Département de Loire-Atlantique.